Школа обучает детей уже более тысячи лет! В 1541 году король Генрих VIII основал Колледж канонов в соборе Эли, чтобы заменить монахов, чей монастырь прекратил существование в 1539 году. Когда Оливер Кромвель стал главой государства Великобритании, школа в 1653 году сменила свое историческое название на Ely Cathedral Grammar School, чтобы не попасть под снос. После прихода на трон Анны в 1702 году стала известна как школа королевы Анны. Первоначальное название вернулось к King's School Ely в 1720 году и оставалось до 2012 года, когда было решено его сократить до King's Ely, чтобы сделать его более отличным от других шести King's Schools, основанных Генрихом VIII.
В свое время здесь обучались члены британской королевской семьи — их имена и гербы увековечены в названиях жилых домов для учащихся King's Ely, на воротах при старом входе в школу возле библиотеки. Для некоторых членов королевской семьи были построены собственные здания, чтобы они могли останавливаться в них и проживать. Сейчас эти здания известны как Королевский зал, также являющийся домом директора King's School еще с викторианской эпохи. Генрих VIII построил здание, теперь известное как Школьный дом — это второе старейшее жилое здание в Европе.
С первых дней ученики изучали различные предметы, включая греческий и иврит. В 1666 году эти иностранные языки были отменены для обязательного изучения.
В 1970 году King's Ely стал учебным заведением совместного типа обучения.
В 1973 году королева Елизавета II посетила школу и учредила первые королевские стипендии учащимся. Все, кто получил такое право, имели отличительные знаки — символ короны на кроватях и галстуках, красные халаты для специальных служб и праздников, собственные места в церкви и другие привилегии. Сегодня стипендии в школе присваиваются на основе академических достижений и результатов экзаменов.
Многие ученые женились, хоронились, устраивали церемонии на территории собора. Элементы этих событий теперь включены в ежегодную и древнюю традицию школы.
В 2002 году в King’s Ely решили отказаться от регби, которое было введено вместо занятий футболом, однако в 2005 году регби вернулось в список спортивных направлений.
В 2004 году директором школы впервые стала женщина — Сьюзан Фриустон: она сменила прежнего руководителя, который стоял у руля 12 лет.
Некоторые исторические постройки King's Ely арендует у собора, знаменитые ворота являются входом в монастырь при соборе — сейчас на этом месте расположены школьная библиотека, учебные классы, конференц-зал и архивы. Бывший амбар монастыря отремонтирован и используется в качестве школьной столовой для учеников